La Primera Iglesia (1944–1963)
En 1944, Monseñor Charles F. Buddy, primer Obispo de San Diego, autorizó el establecimiento de la Parroquia de Nuestra Señora de Guadalupe en Otay, California. El libro de registros parroquiales se abrió el 12 de diciembre de 1944, con el primer bautismo celebrado el 14 de diciembre por el P. Vincent Cizauskas, primer párroco (1944–1945). La construcción de la primera capilla comenzó gracias a la generosa donación de terreno de la familia San Martín, en cuyo hogar se habían celebrado las primeras misas. La pequeña iglesia estaba ubicada en la esquina de las calles Anita y Fresno, y contaba solamente con doce bancas a cada lado.
De 1945 a 1946, fue párroco el P. Paul B. Ward, seguido por el P. Theodore J. Hatton (1946–1947) y el P. J.A. Browne (1947).
Ese mismo año, el P. Jacob A. DeMoor pidió a la diócesis un sacerdote permanente para servir a la comunidad de habla hispana, y fue nombrado párroco, permaneciendo 10 años (1947–1958).
Ante el crecimiento de los feligreses, se planeó una nueva iglesia. A una milla del sitio original, sobre la calle 4ª entre Palomar y Oxford, se compraron 4.22 acres. El Obispo Buddy concedió permiso para construir una iglesia más grande de Nuestra Señora de Guadalupe en ese lugar. Los feligreses colaboraron en la construcción, pero, tras mucho debate, la iglesia fue renombrada como Iglesia de la Preciosa Sangre y se dedicó a fines de 1958.
Los feligreses de Nuestra Señora de Guadalupe pidieron al obispo regresar al sitio original en Anita y Fresno para servir mejor a la comunidad hispana.
La Segunda Iglesia (1963–1993)
En 1958, fue nombrado párroco el P. Antonio Gallegos, aunque permaneció poco tiempo. Ese mismo año, fue designado el P. Rudolph Galindo (1958–1968). La iglesia resultaba demasiado pequeña para la creciente comunidad, por lo que el obispo autorizó la construcción de un templo mucho más grande. El nuevo templo y la rectoria fueron dedicados en 1963 y se designó como Iglesia Nacional Mexicana en Otay. Una vez pagada la construcción, se adquirieron propiedades vecinas y, posteriormente, se añadió un salón parroquial.
Nuestra Señora de Guadalupe se hizo conocida por sus kermeses anuales, concursos de reinas y ventas de raspados. Para fomentar la participación de los feligreses, se fundó el grupo del Santo Nombre. Muchos participaron también en el primer Cursillo de Cristiandad en español en San Diego.
En 1968 fue nombrado párroco el P. Adolphus Chávez (1968–1975). El programa de catequesis (CCD) creció. En 1969 se fundó la Sociedad de Adoración. El grupo juvenil "Santa Cecilia" realizó obras espirituales y danzas folclóricas bajo la dirección de Josefina Romero, quien organizaba presentaciones en fiestas patronales y el 12 de diciembre. En ese tiempo era tradición elegir una abuela de la parroquia y una jovencita como reinas de mayo en honor a la Virgen.
De 1975 a 1977, el P. Edward Connolly fue párroco. Con su espiritualidad y generosidad promovió la unidad comunitaria y fortaleció a la Sociedad Guadalupana, que se unió a la Confederación diocesana.
En 1977, Monseñor Luis Balderas fue nombrado párroco hasta 1990, con el P. Emilio Maldonado como vicario. Mons. Balderas apoyó la Planificación Familiar Natural y grupos de evangelización familiar, además de enviar seminaristas y promover el diaconado permanente. También se fundó una biblioteca parroquial con libros espirituales, educativos y recreativos.
La Tercera Iglesia (1993–Presente)
En 1987, el Consejo Parroquial y el Comité de Construcción se reunieron con el Obispo Leo Thomas Maher para obtener apoyo y un préstamo para un nuevo templo. Con la cooperación de muchos grupos (Guadalupanas, Sociedad del Altar, Adoración Nocturna, Caballeros de Colón y el Grupo Juvenil), se organizaron bailes, rifas, ventas de tamales, raspados, concursos de reinas y fiestas.
En 1990 fue nombrado párroco el P. Bruce Orsborn (1990–1996). Con entusiasmo juvenil, impulsó la construcción del nuevo templo, inaugurado en 1993. Los feligreses incluso escribían sus nombres en bloques y tejas que adquirían como donativos. La rectoría se remodeló como centro de catecismo, se amplió el estacionamiento y la cocina del salón, y las oficinas se modernizaron.
En 1996, el P. Mario Vesga fue párroco hasta 2006, y bajo su guía se construyó el nuevo salón parroquial, inaugurado en 2006.
De 2006 a 2010, el P. Pedro Navarra promovió la evangelización con clases de Eclesiología, Mariología y Biblia, además de formación litúrgica.
De 2010 a 2017, el P. José Luis Muro impulsó la Nueva Evangelización, con adoración diaria al Santísimo, más confesiones, grupos juveniles y nuevos ministerios. En 2012 fue ordenado diácono permanente Guillermo Valdivia, quien junto al P. Muro llevó jóvenes a la Jornada Mundial de la Juventud en Brasil. Bajo su gestión se instalaron el nuevo crucifijo, se trasladó el Sagrario al presbiterio y se renovaron pisos, bancas y el retablo.
De Administración Diocesana a Congregación Religiosa
En 2017, el Obispo Robert McElroy confió la parroquia a los Misioneros de San Carlos Borromeo (Scalabrinianos), cuya misión principal es la atención pastoral de migrantes, refugiados y marinos. El primer párroco scalabriniano fue el P. Ramiro Chan, C.S., con el P. Louis Féliere, C.S. como vicario.
En octubre de 2021, fue nombrado párroco el P. Hily Gonzales, C.S., con el P. Liem Nguyen, C.S. como vicario (2020–2023). Durante la pandemia de COVID-19 se suspendieron muchas actividades, pero en 2022 inició el Proyecto "Restaura mi Casa", con reparaciones al templo, vitrales y puertas, concluído en 2023. También se instaló aire acondicionado y se preparó la restauración del retablo para el 80 aniversario parroquial (2024).
En septiembre de 2023 se unió al equipo pastoral el P. Rigorberto Olivares, C.S. La vida parroquial volvió a la normalidad y surgieron nuevos grupos, incluyendo jóvenes adultos.
A finales de 2023, ante el aumento de refugiados en San Diego, la parroquia comenzó a ofrecer hospedaje nocturno a 20 personas por día, con el apoyo de feligreses y laicos scalabrinianos que colaboran también con la Casa del Migrante en Tijuana.
